城址由宫殿区、内城、外城组成，呈向心式三重布局结构，古河道贯穿其间。城址总面积631公顷，人工堆筑总土石方量约717万立方米。

城址以其山环水抱的选址特征、内外环通的水网交通、四通八达的水门设置、因地制宜的垫石堆筑营城技术、护坡堆垄的台地营造、临水而居的水乡遗迹，以及对自然地形地貌的巧妙利用等筑城技术，展现出一整套适于湿地的“水城”营造技术，展现了东亚稻作农业地区人类早期湿地开发的聚落范例。

宫殿区

宫殿区居于城址中央，地势最为高敞，包括莫角山台地、皇坟山台地和池中寺台地，面积39公顷。宫殿区建有三座独立的宫殿台基、沙土广场、大型粮仓及35座房屋基址，是良渚时期最高统治者居住和活动的主要场所。

内城

内城由城墙围合而成，平面略呈圆角长方形，南北长约1910米，东西宽约1770米，面积280公顷（含宫殿区）。以宫殿区为中心，内城分布有墓地、居址(含手工作坊)台地、古河道等遗址。

外城

外城位于内城外围，由17处断续分布的台地构成半闭合的外郭轮廓，包含居址作坊和墓葬遗迹，面积约351公顷。外城台地和穿行其间的河网形成临水而居的水乡景观。