良渚古城遗址规模宏大、遗存类型复杂、内涵丰富，其遗产的整体价值由城址、外围水利系统、分等级墓地（含祭坛）和以良渚玉器为代表的出土器物等人工遗存要素共同承载。

空间布局上以城址为核心，分等级墓地（含祭坛）分布于城址东北约5公里的瑶山以及城址内的反山、姜家山、文家山、卞家山等台地，城址北面2公里至西面11公里范围内则分布着外围水利系统。

城址空间布局呈向心式三重结构，自内而外由宫殿区、内城与外城三组人工营造的遗存组成。

宫殿区居于城址中央，建有三座独立的宫殿台基，沙土广场，大型粮仓及35座房屋基址，是良渚时期最高统治者居住和活动的主要场所。

内城由墙体围合，设8座水城门、1座陆城门；

外城由17处断续分布的台地构成半闭合的外郭轮廓。城址周边分布着大量同期遗存，城址外的同期遗存与城址形成城、郊分野的空间形态。