良渚遗址位于杭州市余杭区瓶窑镇和良渚街道，是良渚文化遗存分布最为密集、最为核心的地区，它为中华五千多年文明史提供了最完整、最重要的考古学物证，是实证中华五千年文明史的圣地。

多年来，杭州市严格遵循“保护为主、抢救第一、合理利用、加强管理”的文物工作方针，以申报世界遗产为手段，扎实推进良渚遗址综合保护工程，着力建设“专家叫好、百姓叫座、国内领先、国际一流”的良渚文化国家公园，探索出了一条管理与治理结合、人文与自然融合、历史与现代包容的大遗址保护新路子。

1961年,良渚遗址由浙江省人民政府公布列入第一批浙江省省级文物保护单位,范国涉及山前长堤、瑶山遗址和散落在古城之上的部分遗址点

1987年,余杭县成立良渚文化遗址管理所。

1994年,良渚文化博物馆建成并对外开放

1994年、2006年、2012年,良渚遗址由中国国家文物局连续列入《中国世界文化遗产预备名单》,提交联合国教科文组织世界遗产中心。

1996年,良渚遗址由中华人民共和国国务院公布为第四批全国重点文物保护单位。

2000年,中国建筑设计研究院建筑历史研究所受良渚遗址管委会委托编制全国重点文物保护单位《良渚遗址保护总体规划(2008-2025)》,是良渚遗址的专项文物保护单位保护规划,规划编至2007年时考古人员发现良渚古城,保护对象更为清晰。至2012年获国家文物局批准通过。

2001年9月,浙江省人民政府公布成立杭州良渚遗址管理区管理委员会(以下简称“良渚遗址管委会”,即浙江省杭州良渚遗址管理局),负责对良渚遗址实施保护管理。主要工作包括对良渚遗址及周边遗址建立了保护棚、保护围墙、电子监控、日常巡查管理制度等。

2002年4月,杭州市人民代表大会常务委员会公布实施《杭州市良清遗址保护管理条例》,2013年修订。

2008年,良渚博物院建成开放,作为遗址博物馆对出土物进行保管展示和研究。

2013年,浙江省政府公布实施《良渚遗址保护总体规划(2008-2025)》;同年,受良渚遗址管委会委托,中国建筑设计研究院建筑历史研究所启动《良渚古城遗址保护管理规划》;浙江省古建筑设计研究院启动《良渚古城遗址遗产保护、展示、整治方案》。

至此,良渚古城遗址的环境整治、本体保护、价值阐释和公众教育等措施在原有工作基础上加大力度、全面展开。

2016年,良渚古城遗址列入国家申报世界遗产计划。

2017年1月,外围水利系统中的谷口高坝和平原堤坝公布为浙江省省级文物保护单位,12月《浙江省省级文物保护单位良渚古城外围水利工程遗址保护范围和建设控制地带划定方案》公布实施。

2017年12月,《良渚古城遗址保护管理规划(2013-2025)》经国家文物局批准备案、杭州市人民政府公布实施。