莫角山宫殿区位于城址中央，地势最为高敞，包括莫角山台地及其南侧的皇坟山台地、池中寺台地。莫角山台地位于城址区中央偏北，呈矩形覆斗状。台地利用自然山体人工堆筑而成，底部以青淤泥为基础，其上再堆积纯净黄土或草裹泥。莫角山台地的顶面上建有大莫角山、小莫角山、乌龟山三座独立的宫殿台基，在莫角山台地东坡还发现有大量碳化稻谷的堆积，经分析有稻谷2.6万斤，从而判断莫角山台地的宫殿区应建有大型粮仓。