瑶山遗址位于城址外东北方向约5公里的一处山丘顶部，是一处祭坛和高等级墓葬的复合遗址，属于良渚文化早期。瑶山祭坛是先于瑶山墓地和城址建造的重要祭祀遗址，顶部平整，平面呈方形，有里外三重土色，四周包有石坎，可能是用来祭祀天地、神灵、祖先，观天象的场所。祭坛上共清理打破祭坛的13座良渚墓葬，均为竖穴土坑墓，分南、北两排埋葬，其中南排居中的7号墓与北排居中的11号墓等级最高。出土随葬品754件（组），其中玉器共出土678件（组）。