明代四大高僧之一、佛教净土宗第八代祖师莲池大师是杭州人，万历年间，莲池大师为了弘扬佛法，在现在的望江门外（古称草桥门外）的钱江北岸大堤旁修建了一座大庙，定名为海潮寺。到了清嘉庆年间，海潮寺进行了扩建。据文书记载，当时有殿宇僧舍三百余间，海潮寺和灵隐寺、净寺、昭庆寺被并称为杭州“四大丛林”。

海潮寺有许多名联流传至今。其中有一副对联特别为人推崇，该联是清朝的著名书画家、曾任浙江按察史如山所题，上联是：“四大皆空挂挂单，无分你我”，下联是：“万缘放下养养神，各自东西。”对联的背后，有着一段鲜为人知的故事。

故事说的是一个云游四方的小和尚，来到了海潮寺挂单暂住，当他看到这里的和尚每天都高高兴兴的，便问主持：“如何才能成为一个自己愉快，也能带给别人愉快的人？”主持当即送他四句话：“一是把自己当成别人，二是把别人当成自己，三是把别人当成别人，四是把自己当成自己”。小和尚不解，主持笑道：“这要你自己去悟”。

小和尚离开海潮寺，继续四海云游，渐渐也成为大家敬仰的高僧了。多年后，当他听闻海潮寺主持圆寂，即焚香遥告：“师傅，而今我懂得，当你感到欣喜若狂或痛苦沮丧时，你把自己当成别人，心态就会平和。当你看到别人落难受苦时，你要把他当成自己，因为懂得，所以慈悲。而无论你所求非求，结缘亦要随缘，别人就是别人，己所不欲勿施与人。而第四句是要求佛家子弟讲究一生修持，唯有明心见性，自觉自悟，自信方能自在。”

海潮寺和《华严经》也有着一段鲜为人知的因缘。清末民初，在上海发迹的洋人哈同建造了一所豪宅爱丽园，1912年，康有为向信佛的哈同夫人罗迦陵建议，在爱丽园内筹办一所“华严大学”，请月霞法师和应慈等高僧主持。1914年哈同六十寿辰之日，一些洋人蓄意寻衅，要求月霞法师及所有学僧向哈同行三拜九叩首礼，当即遭到月霞法师及全体师生的抵制。在华严大学面临关门的紧急关头，月霞、应慈法师带领六十余名学生到杭州，在海潮寺内利用旧的禅堂、法堂继续开学，教授经论两年多，直到六十学僧全部毕业。

因为有如此佛缘，海潮寺的名声大振，蜚声中外。当代理学大师马一浮先生生前曾多次造访海潮寺，用寺内的佛室、经堂讲授《大乘起信记》等多部佛家经典。一代高僧弘一法师在出家的当年（1918年），就到海潮寺“打七”（佛家俗语：在七天时间里，专修某种法门的方式）。

清咸丰十一年（1861年）太平天国军队攻打杭州时，海潮寺被毁，于同治至光绪年间先后复建，逐步恢复旧观。1944年秋季，海潮寺失火，大雄宝殿和藏经楼等建筑被焚，天王殿及北面的经堂僧舍和部分古树所幸未及。

1958年，在荒凉的海潮寺内建起了浙江省第一家橡胶厂，取名为海潮橡胶厂，后改名为杭州橡胶厂。1992年，杭州橡胶总厂和当时的香港中策投资有限公司共同出资成立了杭州中策橡胶有限公司，经过二十年的奋斗，而今杭州中策橡胶已成为中国轮胎行业的领头羊。2000年7月9日海潮寺天王殿被列为杭州市第三批市级文物保护单位。随着杭州城市的东扩，公司主动和市政府联系，将海潮寺原址厂房搬迁到杭州城外去。

2011年春节刚过，杭州市政府就下达了在海潮寺原址重建海潮寺的文件，计划大手笔地沿着钱塘江分建南院和北院，感觉就像钱塘江穿寺而过。海潮寺北院周围，还将建将台山南宋佛教文化生态公园和白塔公园，海潮寺南院旁，建海潮公园。所有这些，统一构成一个海潮旅游综合体，属于南宋皇城大遗址综保工程中的一部分。