良渚古城遗址由良渚古城核心区、水利系统、祭坛墓地和外围郊区等部分组成，占地总面积达100平方公里，规模极为宏大。其中良渚古城的核心区面积为800万平方米，可分为宫殿区、内城和外郭三重结构体系，类似后世中国都城的宫城、内城和外郭城。古城北部和西北部还分布着由11条水坝构成的规模宏大的水利系统。良渚古城核心区及水利系统均为人工堆筑而成，工程极为浩大，据不完全统计整个古城及外围水利系统的土石方总量近1000万立方米，良渚古城系统无疑是一个经历几十年甚至上百年建设过程的庞大的系统工程。

水利系统位于杭州市余杭区瓶窑镇境内，良渚古城的北面和西面，共由11条堤坝组成，是良渚古城建设之初，统一规划设计的城外有机组成部分。从良渚古城的中心到最远的蜜蜂弄坝体，直线距离约10公里。这些堤坝根据形态和位置的不同，可分为沿山前分布的长堤和连接两山的短坝两类。其中，沿山长堤堤即塘山遗址；而短坝又可分为建于山谷谷口的高坝（包括岗公岭、老虎岭、周家畈和秋坞、石坞、蜜蜂垄）和连接平原孤丘的低坝（包括狮子山、鲤鱼山、官山、梧桐弄）两种。这个系统可能兼有防洪、运输、用水、灌溉等诸方面的用途。整个水利系统土方量达260万立方米，规模宏大。其测年距今约5000年前后，是中国现存最早的大型水利工程，同时也是世界上最早最完善的防洪水坝系统，在我国乃至世界城市建设史和规划史上具有极高价值。良渚古城遗址外围水利系统考古调查与发掘被评为2015年度全国十大考古新发现和2011-2015年度田野考古一等奖。

良渚古城略呈圆角长方形，正南北方向，古城南北长约1910、东西宽约1770米，总面积近300万平方米。城墙总长约6公里，宽约20-150米、高约4米。除南城墙无外城河外，其余三面城墙均有内外城河，古城内外河道纵横，构成发达的水路交通体系与临水而居的居住模式。共发现8座水城门，四面城墙各2座，另在南城墙中部发现陆城门一处。

在良渚古城的外围，分布着扁担山-和尚地、里山-郑村-高村、卞家山及东杨家村、西杨家村等长条形高地，均为人工堆筑而成，宽约30-60米，人工堆筑高约1-3米，这些长条形遗址断续相接，基本形成外郭城的形态，合围面积达800万平方米，外郭以内为良渚古城的核心区。

另外在良渚古城遗址以东约30公里还分布着临平遗址群，包括茅山、玉架山等遗址，这应该是良渚古城的远郊，整个800平方公里的C形盆地是良渚古城的腹地。