莫角山宫殿区位于古城的正中心。它是一处人工营建的长方形土台（当地称古尚顶），呈长方形覆斗状，东西长约630米、南北宽约450米，相对高约9-15米，面积近30万平方米，其上分布有三座宫殿台基（当地称大莫角山、小莫角山、乌龟山），整个宫殿区堆筑土方量达210余万立方米，宫殿区内几无生活废弃堆积分布，堪称中国最早的“紫禁城”。

    1992-193年莫角山良渚遗址大型建筑基址的发掘成果被评为1993年度全国十大考古新发现，同时评为“八五”（1991-1995年）期间全国十大考古发现。

在大莫角山、小莫角山及古尚顶顶面平台上均发现东西成排、南北成列分布的土台房基，其中大莫角山上房基面积为300-900平方米，推测为国王的居所，古尚顶上房基面积略小，为200-500平方米，推测是高等级贵族的居所。莫角山东坡、西坡均发现大量碳化稻谷堆积，可知宫殿区内原有大型粮仓。

另外莫角山宫殿区以西分布着反山、姜家山等王陵和贵族墓地。