瑶山祭坛因盗挖玉器发现于1987年5月，接着由省文物考古研究所会同市、县文物管理委员会进行考古发掘，历时一月有余。（1996-1998又连续三次进行清理、发掘。）发掘的结果是震惊中外，原来这里是一座良渚文化时期的祭坛，祭坛上又存在着12座墓葬，分南北两列，它是我国发现的第一座良渚文化时期的祭坛与墓葬的复合遗址。专家们研究认为：祭坛与大墓复合共存，并有一座主墓的现象，是当时形成多部落的联盟和盟主主持祭礼的遗迹，而它本身就是一种权力的象征。

在祭坛遗址的12座墓内，共发掘出文物707件（组），有玉、石、陶、漆等器，单件为2000多件，玉器占九成。部分玉器雕工精湛，有阴线刻、浅浮雕，镂空透雕等技法，雕琢出繁简不一的神人兽面图像。随葬漆木器具不少，但剔出形器的只有两件，其中一件朱漆嵌玉高柄杯，这是我国已知最早的嵌玉漆器。祭坛随葬品如此丰富，并且有这么多玉质礼器，反映出死者生前的特殊身份。考古界研究认为，墓葬的主人就是巫觋，而且巫觋当时已经组成了包括不同地位的某种集团或阶层，反映出当时的原始宗教和政教合一时代的开始。

瑶山祭坛的发现，对于研究良渚文化时期的社会性质，认识宗教在我国原始社会向文明时代发展历史进程中的作用，有着十分重要的意义。