稻作农业的起源可以从生物属性和文化属性两方面进行解释。生物属性方面，水稻从野生向栽培变化的特征主要看三点：一是长宽比例；二是光滑程度；三是硅酸体特征。文化属性主要看生产加工工具和农耕遗迹等。

稻谷遗存在跨湖桥遗址中的分布范围较广，遗址地层中淘洗出1000余颗碳化稻粒。从粒形分析，跨湖桥稻谷的颗粒较短，50%以上的稻谷明显不同于普通野生稻，是人工驯化后的栽培稻。稻遗存中的硅酸体形状、小穗轴特征也支持上述判断。小穗轴部位由野生稻的光滑状向栽培稻的保留折断的小枝梗变化。这是因为野生稻成熟后，小穗轴部位的稻粒自动脱落，人工收割时小穗轴是被人为折断的，因此此部位显得较为粗糙，甚至带有小枝梗。同时，跨湖桥先民充分发挥自身的聪明才智，发明了一些实用性较强的农耕工具，骨耜就是其中的代表。它由动物的肩胛骨制成，插绑在木柄上使用，是农耕时翻地的农具。

有理由认为，跨湖桥遗址出土的栽培稻，把这一地区的稻作历史又向前上溯近千年，说明长江下游和长江中游一样都是中国最早开始栽培水稻的地区。