改革主要内容包括通过采取“一减二调一补”政策等综合举措建立市级公立医院经济运行新机制、推进医疗资源科学配置、改革医院内部运行机制、加强医院综合管理和切实改善医疗服务等五个方面。

改革的核心是破除“以药补医”机制，取消药品加成，优化医疗服务价格结构，加大政府投入。

所谓“一减二调一补”，“一减”即减少药品费用，医院所有药品（中药饮片除外）按实际采购价实行“零差率”销售。“二调”即调整医疗服务价格，适当提高技术劳务为主的诊疗服务价格；调整医保政策，基本医疗保险按调整后的医药价格执行。“一补”即加大对医院的财政补助。

“药品零差率”是指取消医院药品加成政策，所有药品（中药饮片除外）一律按实际进价销售，即“原价进，原价出”，医院不再通过药品差价增加业务收入。药品进价是以省为单位，通过统一集中招标采购确定的。实施“药品零差率”目的是彻底切断医院与药品之间的利益链条，扼制医务人员通过开药来增加业务收入，减少大处方和过度用药现象，逐步做到按需用药，对症下药，促进科学诊疗、合理用药。